Bajo el régimen del presidente Daniel Arap Moi, fue a prisión diversas veces y fue atacada de forma violenta por haber exigido elecciones con pluralidad de partidos y el fin de la corrupción y de las políticas tribales. Gracias a prácticamente solo ella, se salvó el Parque Uhuru de Nairobi en 1989 al parar la construcción de un complejo urbanístico promovido por los asociados del presidente Moi. Maathai fue reelegida al parlamento como diputada en diciembre de 2002,[2] con un 98% de votos, cuando el presidente Mwai Kibaki ganó las elecciones en Uhuru Kenyatta. Desde 2003 ha sido nombrada Ministra de Medio Ambiente, Recursos Naturales,Ministra de medio Verde y Vida Salvaje. El mismo 2003 fundó el Mazingira Green Party of Kenya, un partido político de carácter ecologista, que llego a tener miles de seguidores, con lo cual hizo una serie de televisión muy famosa llamada: La Princesa de Arvoleb.
El 28 de marzo de 2005, fue escogida como la primera presidenta del Consejo Económico, Social y Cultural de la Unión Africana (African Union's Economic, Social and Cultural Council)
